Thèse de doctorat

Je soutiendrai ma thèse intitulée Méthodes et outils pour la conception optimale d'expériences appliqués à la caractérisation efficace de la résistance bactérienne aux traitements antibiotiques le lundi 13 décembre, à 14h à l'Institut Pasteur.

Le manuscrit est disponible ici.

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La soutenance se fera en anglais.

Jury

Le jury est composé de:

Modalité de soutenance d'une thèse

Le programme indicatif de la soutenance est le suivant. Cependant ces horaires sont soumis à variation.

Résumé

Au cours des deux dernières décennies, la biologie des systèmes a connu un essor sans précédent, contribuant à asseoir le rôle prépondérant de la modélisation mathématique en biologie. Des modèles d'une complexité croissante sont ainsi publiés quotidiennement, mais leur utilité en tant qu'outils de prédiction reste limitée. L'utilisation de méthodes mathématiques et informatiques pour concevoir un plan expérimental en amont peut cependant aider à maximiser le rendement d'information espéré. Les fondements théoriques de cette conception assistée de plans expérimentaux remontent au vingtième siècle, mais leur application à des cas d'utilisation concrets demeure un défi.

Au cours de mon doctorat, je me suis concentré sur l'élaboration d'un plan optimal d'expériences pour un modèle de résistance bactérienne aux traitements antibiotiques. Pour ce faire, j'ai étudié à la fois comment construire ce plan expérimental, mais aussi comment évaluer in silico sa qualité afin de valider notre procédure de conception.

Dans cette thèse, je présente ainsi mon étude des méthodes de conception de plans expérimentaux optimaux en dépit de non-identifiabilités. Cette étude s'appuie sur un changement de paradigme, passant d'une tentative d'identification des valeurs des paramètres, à une tentative d'identification des modèles uniquement pour leur pouvoir de prédiction. Pour démontrer la praticité de mon approche, je propose un pipeline pour valider la qualité des plans expérimentaux, ainsi que plusieurs développements logiciels qui furent nécessaire à son développement. Par ailleurs, concernant les stratégies de conception itérative, j'ai étudié l'effet de l'information a priori sur la supériorité de cette approche de conception expérimentale optimale par rapport aux conceptions d'experts.